SSH 通訊協定有 Version1 和 Version2，即 V1 和 V2，V1只支援 RSA 加密，而 V2 支援 RSA 和 DSA 加密方式。
SSHD 有兩對金鑰：
Host Key：放在 /etc/ssh/ 之下，預設長度為 1024 bits，可設定加長至 2048 bits。
Server Key：儲存在 RAM 之中，預設長度為 768 bits，可設定加長至 1024 bits，Server Key 每小時會更新一次。
整個 SSH 通訊加密流程如下：
1. [SSH Client] －－－(要求建立 SSH 連線)－－－＞ [SSH Server]
2. [SSH Client] ＜－－－(傳遞 HostKey 和 ServerKey 的公開金鑰)－－－ [SSH Server]
3. [SSH Client] －－－(產生 SessionKey，再用 HostKey 和 ServerKey 加密：ServerKey(HostKey(SessionKey))，傳至 Server)－－－＞ [SSH Server]
4. [SSH Server]：用 HostKey 及 ServerKey 的私密金鑰，將 SessionKey 解密出來。ServerKey.Pri(ServerKey(HostKey(SessionKey))) －－＞ HostKey.Pri(HostKey(SessionKey)) －－＞ SessionKey。
5. [SSH Client] ＜－－－(使用 Session Key 加密進行連線)－－－＞ [SSH Server]
6. Session Key 每隔固定時間或傳遞了固定大小之後，亦會更換一次，再用同樣的方式傳遞給 SSH Server。
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